Mis a jour le 2024-03-17, 13:4

anndata et scanpy

anndata

package qui permet de stocker des matrices annotées
Définition d'un objet :
Metadata :
Manipulation :
Sauvegarde dans un fichier :
Concatenation d'objets selon les observations : adata = anndata.AnnData.concatenate(adata1, adata2, , adata3, batch_categories = ['a', 'b', 'c']) :

scanpy

Récupération de dataframe :
Pré-processing :
Processing :
PAGA : permet de calculer des trajectoires :
Expression différentielle des gènes :
Plots :
Divers :

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