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Création alignements pairwise
Alignment pairwise directement en python :
- utiliser le module pairwise2 : from Bio import pairwise2.
- attention : c'est terriblement lent !
- alignment de séquences nucléotidiques :
- alignement de séquences protéiques : normalement, il faut une matrice de score qui est fournie comme dictionnaire dont les clefs sont des paires de lettre et les valeurs sont les scores :
- exemple de matrice : from Bio.SubsMat import MatrixInfo; matrix = MatrixInfo.blosum62.
- pour avoir la liste de toutes les matrices de score disponibles : MatrixInfo.available_matrices.
- alignement global : alignments = pairwise2.align.globalds('IKLQVPWSNMAQ', 'GHIKLQPWSNMAQ', MatrixInfo.blosum62, -3, -0.5).
- alignement local : alignments = pairwise2.align.localds('IKLQVPWSNMAQ', 'GHIKLQPWSNMAQ', MatrixInfo.blosum62, -3, -0.5).
- le 'd' dans globalds et localds indique qu'un dictionnaire est passé pour le scoring au lieu de passer un score de match et un score de mismatch.
- une liste de plusieurs alignements peuvent être renvoyée si plusieurs alignements optimaux (de même score).
- on peut se limiter à un seul alignement renvoyé en rajoutant l'option : one_alignment_only = 1
- attention : la fonction format_alignment ne fait pas ce que l'on veut : elle met des '|' partout, même quand pas de match !
- pairwise2 est implémenté en C (cpairwise2), mais si le module C n'est pas disponible, il peut tourner en pur python.
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