Création alignements pairwise

Alignment pairwise directement en python :

utiliser le module pairwise2 : from Bio import pairwise2.
attention : c'est terriblement lent !
alignment de séquences nucléotidiques :
- alignement global : alignments = pairwise2.align.globalms('CGACTAGTTTTGACGGGAG', 'ACGATGCGACATTTTGACGGG', 2, -1, -2, -0.5) : +2 pour un match, -1 pour un mismatch, -2 pour une ouverture de gap, -0.5 pour une extension de gap.
- alignement local : alignments = pairwise2.align.localms('CGACTAGTTTTGACGGGAG', 'ACGATGCGACATTTTGACGGG', 2, -1, -2, -0.5) : +2 pour un match, -1 pour un mismatch, -2 pour une ouverture de gap, -0.5 pour une extension de gap.
- le résultat renvoyé est une liste d'alignements sous forme d'un tuple, par exemple : [('------CGACTAGTTTTGACGGGAG', 'ACGATGCGAC-A-TTTTGACGGG--', 26.0, 6, 23)] (un seul alignement ici). Les éléments du tuple sont :
  - séquence 1 alignée : la totalité de la séquence, même si l'alignement est local !
  - séquence 2 alignée : la totalité de la séquence, même si l'alignement est local !
  - score.
  - début (intéressant pour alignement local).
  - fin (intéressant pour alignement local).
- si l'alignement est local, le score calculé est pour un alignement local, donc les gaps aux extrémités ne comptent pas dans le score.
- si l'alignement est local et que "align" est un des tuples renvoyés, on peut afficher les segments alignés en utilisant le début et la fin par :
```
(begin, end) = (align[3], align[4])
print(align[0][begin:end])
print(align[1][begin:end])
      
```
alignement de séquences protéiques : normalement, il faut une matrice de score qui est fournie comme dictionnaire dont les clefs sont des paires de lettre et les valeurs sont les scores :
- exemple de matrice : from Bio.SubsMat import MatrixInfo; matrix = MatrixInfo.blosum62.
- pour avoir la liste de toutes les matrices de score disponibles : MatrixInfo.available_matrices.
- alignement global : alignments = pairwise2.align.globalds('IKLQVPWSNMAQ', 'GHIKLQPWSNMAQ', MatrixInfo.blosum62, -3, -0.5).
- alignement local : alignments = pairwise2.align.localds('IKLQVPWSNMAQ', 'GHIKLQPWSNMAQ', MatrixInfo.blosum62, -3, -0.5).
- le 'd' dans globalds et localds indique qu'un dictionnaire est passé pour le scoring au lieu de passer un score de match et un score de mismatch.
une liste de plusieurs alignements peuvent être renvoyée si plusieurs alignements optimaux (de même score).
on peut se limiter à un seul alignement renvoyé en rajoutant l'option : one_alignment_only = 1
attention : la fonction format_alignment ne fait pas ce que l'on veut : elle met des '|' partout, même quand pas de match !
pairwise2 est implémenté en C (cpairwise2), mais si le module C n'est pas disponible, il peut tourner en pur python.

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