Mis a jour le 2017-12-03, 22:17

Lecture et écriture des séquences

Lecture de séquences :
Lecture de séquences indexées :
Ecriture de séquences :
Conversion d'un fichier fasta et qualité 454 en fichier fastq :
    with open(args.outFastq, 'w') as fhOut:
        for seqRecord in PairedFastaQualIterator(fhFasta, fhQual):
            fhOut.write(seqRecord.format('fastq'))
  
Récupération de séquences directement sur Entrez :
from Bio import Entrez
from Bio import SeqIO
Entrez.email = "email@example.com"
handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", rettype="fasta", retmode="text", id="6273291")
seq_record = SeqIO.read(handle, "fasta")
handle.close()
  
Récupération de séquences directement sur Uniprot :
from Bio import ExPASy
from Bio import SeqIO
handle = ExPASy.get_sprot_raw("O23729")
seq_record = SeqIO.read(handle, "swiss")
handle.close()
  
Conversion de format (genbank en fasta par exemple) :

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