Enzymes de restriction

import : from Bio import Restriction

Définition d'une enzyme :

enz = Restriction.EcoRI
Restriction.EcoRI est en fait une classe.
Pour avoir la classe à partir du nom, apparemment, pas d'autre choix que de faire : enz = eval(Restriction.EcoRI). (pas de méthode construisant à partir du nom)
str(Restriction.EcoRI) : le nom de l'enzyme, ici EcoRI
len(Restriction.EcoRI) : la taille du site.
Restriction.EcoRI.site : le site reconnu (les nucléotides sous forme de chaîne).
Restriction.EcoRI.elucidate() : renvoie une représentation avec le site et les positions de coupure, ^ sur le brin du haut, _ sur le brin du bas, ici G^AATT_C.
Restriction.EcoRI.ovhg : la taille de l'overhang : -4 (<0 si 5' sortant, >0 si 3' 0 sortant, 0 si blunt).
Restriction.EcoRI.ovhgseq : la séquence de l'overhang sur le brin du haut (chaîne vide si blunt)
Restriction.EcoRI.is_palindromic() : renvoie True si site palindromique
Restriction.EcoRI.fst5 : l'enzyme coupe le brin du haut juste après cette position par rapport au site : 1 pour EcoRI (G^AATT_C), 3 pour EcoRV (GAT^_ATC, blunt), 5 pour KpnI (G_GTAC^C), 7 pour BsaI (GGTCTCN^NNNN_N)
Restriction.EcoRI.fst3 : l'enzyme coupe le brin du bas juste avant cette position par rapport au site : -1 pour EcoRI, -3 pour EcoRV, -5 pour KpnI, 5 pour BsaI
Restriction.BsaI.equischizomers() : renvoie la liste des isoschizomers : même site, mêmes positions de coupure

Coupures :

Restriction.EcoRI.search(Seq('CCCGAATTCGGG')) : renvoie la liste des positions de coupure, ici [5]. Ce sont les bases juste après le site de coupure sur le brin du haut. Les positions ont pour origine 1.
Restriction.EcoRI.catalyze(Seq('AGCGATTAGCGAATTCGGATCAGCGATTTATAGAATTC')) : renvoie le tuple des séquences obtenues après digestion par l'enzyme. Ce sont les séquences sur le brin du haut. Ici, donne (Seq('AGCGATTAGCG'), Seq('AATTCGGATCAGCGATTTATAG'), Seq('AATTC'))
batch = Restriction.RestrictionBatch(['EcoRI', 'HindIII']) : définit un batch d'enzymes de restriction.
batch = Restriction.RestrictionBatch([Restriction.EcoRI, Restriction.HindIII]) : autre moyen pour définir un batch.
batch.elements() : la liste des noms des enzymes du batch.
batch.search(Seq('ACGATCGAGCAGAATTCGAGCTAGCGAAGCTTGAGCTATGCGAATTCC')) : permet de trouver les positions par enzyme : {EcoRI: [13, 43], HindIII: [28]}
ana = Restriction.Analysis(batch, Seq('ACGATCGAGCAGAATTCGAGCTAGCGAAGCTTGAGCTATGCGAATTCC')) : définit une analyse de restriction.
ana.full() : donne le même résultat que search sur un batch.
ana.print_that() : donne une sortie formattée pour lecture manuelle.
ana.print_as('map'); an.print_that() : change le défaut et imprime la séquence avec les sites (le défaut est ana.print_as('alpha')).

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