Mis a jour le 2017-09-24, 21:34

Utilisation avec Entrez

Le module Entrez permet d'accéder aux bases du NCBI (à la fois les bases type séquences et autre, mais aussi PubMed par exemple).
Pour utiliser le module, faire : from Bio import Entrez.
Recommandations pour utiliser le module :
Principe général : la plupart des requêtes récupère les infos sous forme de XML, et il y a un parseur intégré que l'on peut appeler avec Entrez.read qui transforme le xml en structure python (avec dictionnaires et listes).
Pour récupérer la liste de toutes les bases Entrez :
Pour récupérer des infos sur une base Entrez :
Pour effectuer une requête :
Pour récupérer un résumé de différentes entrées :
Pour récupérer des entrées complètes, par exemple pour PubMed :
Récupération d'un grand nombre d'entrées :

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